Qu'est-ce qu'un fichier CEL ?
Affimetrix a développé un programme d'analyse d'image ADN faisant appel à des fichiers CEL. Ce type de fichier contient différentes données qui sont collectées à partir de sondes. Ces données sont stockées sur une puce GeneChip qui peut contenir une multitude de données. En général, les fichiers CEL sont assez volumineux. Ils peuvent être utilisés pour générer une grille ou un graphique 2D d'un génome après avoir visualisé et analysé les données stockées.
Généralement, une puce GeneChip est utilisée pour chaque expérience. Les puces sont créées à partir de silicone et de verre et contiennent la sonde. Les données relatives aux valeurs d'appariement et de non concordance relevées par les sondes sont stockées au format de fichier CEL. Elles sont principalement utilisées pour la recherche de maladies chez les animaux et les humains puisque les données permettent de révéler des altérations de l'ADN. Les fichiers CEL peuvent être enregistrés dans un format ASCII ou binaire, en fonction de la version du fichier. Par ailleurs, un fichier CEL ne peut être utilisé qu'avec le fichier CDF correspondant. Le fichier CDF stocke un dictionnaire qui est spécifique à l'analyse des données de la sonde du fichier CEL.
Voici une petite liste, non exhaustive, des programmes qui peuvent ouvrir les documents CEL:
- Affymetrix Tiling Analysis Software (Windows)
- dChip (Windows)
- multi-aff-py (Windows, Mac & Linux)
- RMAExpress (Windows)
- The MathWorks MATLAB (Windows)
- VSN GenStat (Windows)
